Emil Schiller war ein deutscher Pfarrer, Missionar und Lehrer und hielt sich mit kurzen Unterbrechungen von 1895 bis 1931 in Japan auf.

Karl Emil Schiller wurde am 16. Oktober 1865 in Husum geboren. Nach der Schulausbildung studierte er von 1885 bis 1890 Theologie in Bonn und Berlin. Danach war er bis 1891 Hilfsprediger in Siegburg und anschließend bis 1894 Pfarrer und Rektor der Lateinschule in Tecklenburg in Westfalen. Seit 1894 war Schiller für die Ostasienmission (OAM) tätig. Die Ostasienmission wurde im Jahr 1884 als „Allgemeiner Evangelisch-Protestantischer Missionsverein“ (AEPMV) in Zusammenarbeit mit der Schweiz in Weimar gegründet; der Schwerpunkt der Missionsarbeit lag zuerst in China und Japan, später auch in Korea. Ab 1885 war der Pfarrer Wilfried Spinner der erste Missionar in Tokyo und Yokohama.

Im Jahr 1895 ging Emil Schiller nach Japan und wurde Nachfolger des Missionars Carl Munzinger in Tokyo. 1899 holte er seine Frau nach Japan,  und 1900 und 1901 wurden seine beiden Töchter in Tokyo geboren; ab 1900 lebte und arbeitete er in Kyoto. Von 1907 bis 1910 lehrte er Philosophie an der Kyoto Imperial University, und von 1904 bis 1913 war er Dozent für deutsche Sprache und Literatur an der Kyoto University. Das Foto zeigt Emil Schiller beim Bibelunterricht (um 1908).

Außerdem  hielt er Gottesdienste in der Union Church in Kobe. Da Schiller auch die Qualifikation als Lehrer hatte, wurde ihm im Jahr 1910 die Aufsicht über die Deutsche Schule Kobe übertragen, und er stellte in Anlehnung an Vorgaben aus Deutschland Lehrpläne für die Schule auf. Ab 1916 bis zu seiner Rückkehr nach Deutschland im Jahr 1931 war er auch als Religionslehrer an der Schule in Kobe tätig. Einzelheiten über seinen Einfluss auf das Geschehen an der Schule kann man nachlesen in : Jürgen Lehmann, „100 Jahre  Deutsche Schule Kobe 1909 bis 2009“.

Im Jahr 1908 wurde Emil Schiller von der  OAM zum Missionssuperintendent für die gesamte Japanarbeit ernannt; diese Stellung behielt er bis zum Ende seiner Missionstätigkeit. 1911 erschien seine Schrift Shinto: die Volksreligion Japans.

Emil Schiller unterbrach  seinen Japanaufenthalt für drei Heimaturlaube. In den Jahren 1903 und 1904 hielt er zahlreiche Vorträge in Deutschland und auch in der Schweiz. Im Jahr 1906 wurde ihm von der Universität Bern die theologische Ehrendoktorwürde verliehen.  1913 war sein zweiter Heimaturlaub, wieder angefüllt mit Vorträgen; zum letzten Mal war er 1926 in Deutschland. Während des ersten Weltkriegs blieb Schiller in Japan und besuchte zusammen mit seinem Kollegen Pastor Schröder die japanischen Kriegsgefangenenlager und hielt Gottesdienste für die deutschen Soldaten. Durch das große Erdbeben im Jahr 1923 wurde die deutsche Kirche in Tokyo zerstört. Mit Spendengeldern der Japan-Deutschen und aus Deutschland konnte eine neue Kirche finanziert und gebaut werden; am 27. November 1927 wurde die Kirche durch Pastor Emil Schiller eingesegnet.

Im Oktober 1931 wurde Emil Schiller in den Ruhestand versetzt und kehrte nach Deutschland zurück.

Im August 1945 starb Emil Schiller in Bad Godesberg.